Bioinformatiker / Bioinformatikerin Institut für Medizinische Genetik und Humangenetik in Berlin-Wedding bei Charité

Arbeiten an der Charité

Weil du den Unterschied machst

Du bist daran interessiert, die Bereiche modernster Forschung und klinischer Praxis interdisziplinär zu verbinden? Mehrere Institute an der Spitze medizinischer Innovationen der Charité und des Berliner Institutes für Gesundheit in Berlin suchen eine dynamische Person, um sich ihren kooperativen Bemühungen als Bioinformatikerin / Bioinformatiker anzuschließen. Die Institute für Pathologie und Medizinische Genetik an der Charité, die Core Unit Bioinformatik am BIH und das Comprehensive Cancer Center Charité wollen gemeinsam die personalisierte Medizin im Rahmen des Modellvorhabens für Ganzgenomsequenzierung in die klinische Routine bringen. Das Modellvorhaben stellt eine wegweisende Initiative in Deutschland dar, das sich auf die Nutzung der Genomsequenzierung zur umfassenden Diagnose und Identifizierung therapeutischer Interventionen bei seltenen und onkologischen Erkrankungen in der Routineversorgung konzentriert.

Die Stelle im Überblick

Du wirst im Institut für Humangenetik arbeiten und mit Kollegen & Kolleginnen der Core Unit Bioinformatik und den anderen Instituten eng zusammenarbeiten.

• Analyse von NGS-Daten für die klinischen Routine, mit Schwerpunkt WGS-Diagnostik in der Humangenetik, insbesondere auch bei der Identifizierung von strukturellen Varianten
• Bereitstellung, Anwendung und Weiterentwicklung von Workflows für Daten-QC, Alignment, Varianten-Analyse und -Annotation, sowie Berichtserstellung
• Definition von Qualitäts-Metriken und -sicherungsprozessen gemäß den Anforderungen der molekularen Diagnostik und des Modellvorhabens, Implementierung effektiver QC-Maßnahmen, Fehlerbehebung, aktive Beteiligung an Ursachenanalyse und Prozessverbesserung
• Mitarbeit bei der Integration von genomischen und klinischen Daten, bioinformatische Unterstützung der Fallkonferenzen
• Mitarbeit bei Ringversuchen und der diagnostischen Akkreditierung der NGS-Analysen
• Entwicklung von innovativen Methoden zur Datenanalyse, insbesondere zur diagnostischen Nutzung von Long-Read Daten

Danach suchen wir

• Master-Abschluss in Bioinformatik, Computational Biology oder einer verwandten Disziplin, idealerweise einige Jahren Berufserfahrung in der NGS-Datenanalyse, relevante Promotion ist von Vorteil
• Tiefgreifendes Verständnis der Methoden zur Sequenzdatenverarbeitung und -analyse sowie die Nutzung öffentlicher Datenressourcen und Open-Source-Tools erforderlich, Erfahrung mit Dragen und/oder ParaBricks von Vorteil
• Nachgewiesene Erfahrung in reproduzierbarer Datenanalyse notwendig; gutes Verständnis von Workflow- und Toolmanagement (snakemake, nextflow), Validierung, Qualitätskontrolle sowie Datenmanagement erforderlich
• Solide Erfahrung der genomischen Datenverarbeitung im Bereich der seltenen Erkrankungen ist erwünscht; Wissen über neue Sequenziermethoden wie Long Reads ist vorteilhaft
• Sehr gute Programmierkenntnisse erforderlich, Kenntnisse in Python, R und Bash erwünscht; nachgewiesene Fähigkeit zur Erstellung von sauberen und gut dokumentierten Quellcodes notwendig; Erfahrung mit git erwünscht
• Erfahrung mit Parallelisierung auf HPC (slurm) erwünscht
• verhandlungssichere Kommunikationsfähigkeiten in Deutsch erforderlich, gute Englischkenntnisse von Vorteil
• Team- und zielorientierte, selbstmotivierte Arbeitsweise erwartet; praktische Erfahrung in der Arbeit mit interdisziplinären, idealerweise biomedizinischen, Teams ist von Vorteil

Das bringt die Charité mit

• Eine hoch professionelle Zusammenarbeit in einem motivierten und interdisziplinären Team
• Eine zukunftsorientierte, abwechslungsreiche und anspruchsvolle Tätigkeit mit hoher Eigenverantwortung und persönlichem Handlungsspielraum
• Interkulturelle Teamveranstaltungen, gut strukturiertes Onboarding mit netten Kolleginnen und Kollegen
• Umfangreiche kostenfreie Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten bis hin zum Studium
• Vergünstigungen bei vielen Angeboten für Beschäftigte für die Bereiche Shopping, Reisen, Sport
• Durch unsere betriebliche Altersvorsorge sind unsere Mitarbeitenden im Alter zusätzlich abgesichert